漫长的冰原危机，随着大片冰川的轰然倒塌，总算化解过去。猛犸象曼尼、树懒希德和剑齿虎迪亚戈这三个难兄难弟，也享受起了难得的安宁。和平时期，自该成家立业、赶紧造“人”。毛茸茸的曼尼和新婚燕尔的老婆伊丽，业已激动地等待着爱情结晶的出生。依然贪生怕死的希德，也难免触景生情，做起了当“妈”的美梦。倒是迪亚戈成天闷闷不乐--温柔体贴外加素食主义，自己到底还有没有资格号称剑齿虎呢？至于那位“生命诚可贵，爱情价更高；若为松果故，两者皆可抛！”的松鼠老兄斯科特，则照样成天追着它的松果宝贝跑，不亦乐乎。
这群无事生非的活宝，哪安生得了几天？越衰越惹人爱的斯科特，终于碰到了和自己一样爱松果如命的松鼠美眉斯科娣，平生头一回神魂颠倒，却差点赔了夫人又折兵。少根筋的希德，竟然不知从哪儿抱回了三颗硕大的蛋，乐得屁颠屁颠。没想到，蛋里孵出的不是飞鸟，却是三只可爱的小恐龙。恐龙蛋生意岂是这么好抢？！这下可好，不知道从哪旮沓里蹦出来的霸王龙愤怒杀出，希德立马就变成俘虏！兄弟有难，哪能袖手旁观？虽然心不甘情不愿，可为了救回被掳走的希德，一众活宝们再度踏上冒险旅途。
神秘的地洞，竟然通向地底未知的“世外桃源”--那里与世隔绝、空气湿润、枝繁叶茂、气候温暖，丝毫感觉不到冰河世纪凛冽的寒风。可糟糕的是，异常温暖舒适的气候，却也成了一大群凶恶恐龙的乐园！唯一能帮助这群伙伴的，只有个性古怪且老是兴奋过头的独眼鼬鼠巴克。原来，深受大暴龙鲁迪之害的巴克，不惜上刀山下火海也要和宿命仇敌鲁迪来场力量悬殊的生死对决，曼尼一厢的出现，正好替他打气。在神奇的地下世界里，一众直捣恐龙基地的好友们，又会有段怎样传颂后世的历险记？